L'histoire de la délégation Centre-Est du CNRS commence en 1976 avec la création de l'administration déléguée "Champagne-Lorraine". Pendant cette période, qui s'étend jusqu'en 1990, l'entité était dirigée par un administrateur délégué unique. Ce mode de gestion centralisé permettait de superviser efficacement les activités de recherche et de développement scientifique dans les régions de Champagne et de Lorraine.
En 1990, une réorganisation structurelle conduisit à la formation de la délégation régionale "Lorraine et Champagne-Ardenne". Cette nouvelle configuration était placée sous la direction d'un délégué régional. La création de cette délégation visait à renforcer la coordination et le soutien aux laboratoires de recherche dans les deux régions, en s'adaptant aux besoins spécifiques et en favorisant une collaboration plus étroite entre les différents centres de recherche.
La délégation régionale connut une nouvelle phase d'expansion entre 1992 et 1995, intégrant les régions de Franche-Comté et de Bourgogne. Désormais appelée "Lorraine, Champagne-Ardenne, Franche-Comté et Bourgogne", cette entité élargie était toujours dirigée par un délégué régional. Cette expansion visait à harmoniser les efforts de recherche dans un ensemble régional plus vaste, tout en optimisant les ressources et les compétences disponibles dans ces quatre régions.
En 1995, une nouvelle étape de réorganisation donna naissance à la délégation régionale "Nord-Est". Cette structure demeura sous la direction d'un délégué régional unique et couvrait une zone géographique encore plus vaste. Cette période, qui dura jusqu'en 2005, fut marquée par des efforts pour renforcer les collaborations interrégionales et pour accroître la visibilité et l'impact des recherches menées dans le nord-est de la France.
Depuis 2005, la délégation régionale a adopté le nom de "Centre-Est". Sous la direction continue d'un délégué régional, cette entité s'est concentrée sur le soutien et la promotion de la recherche scientifique dans les régions du Centre-Est (Grand-Est -hors Alsace- et Bourgogne Franche-Comté) de la France. Cette dernière réorganisation vise à adapter la structure administrative aux défis contemporains de la recherche, tout en assurant un soutien efficace et une coordination optimale des activités scientifiques dans cette vaste circonscription.
